Bioinformatics adalah bidang ilmu yang menggabungkan biologi molekuler dan ilmu komputer. Hal ini melibatkan penggunaan teknologi informasi untuk mengumpulkan, menyimpan, mengelola, dan memahami data biologis. Bioinformatika dapat membantu para ilmuwan dalam memahami dan menganalisis informasi biologis yang sangat besar, seperti urutan DNA, struktur protein, dan data lainnya yang dihasilkan dalam penelitian biologi molekuler.
NCBI (National Center for Biotechnology Information) adalah lembaga pemerintah Amerika Serikat yang berfokus pada penyediaan sumber daya dan layanan informasi di bidang bioteknologi dan medis yang merupakan bagian dari Departemen Kesehatan dan Layanan Manusia Amerika Serikat.
PLACE adalah sebuah tools yang menyediakan fitur pencarian database yang berisi motif-motif elemen DNA cis pada pelbagai tanaman yang dikumpulkan dari banyak penelitian. Database PLACE juga menyediakan deskripsi singkat dari setiap motif dan informasi literatur yang relevan.
Mengakses database NCBI
- Buka pada browser anda https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Gambar 1. laman awal NCBI
2. Pada kolom pencarian pilih filter all databases dan masukan keyword pencarian.
Gambar 2. Pencarian data tanpa filter
3. Hasil pencarian tersebut akan menunjukan data yang cocok sesuai dengan keyword.
Gambar 3. Hasil pencarian
Contoh Penggunaan data NCBI
- Silahkan masukan keyword pada kolom pencarian tetapi pada bagian filter bukan all database, ganti menjadi protein.
Gambar 4. Penggunaan filter protein
2. Setelah dilakukan proses pencarian akan muncul data detail mengenai keyword contoh tersebut.
Gambar 5. Hasil filter protein
3. Klik bagian FASTA lalu salin data yang ditampilkan untuk kita lakukan percobaan reverse transcription.
Gambar 6. Isi dari FASTA
4. Buka website https://www.bioinformatics.org lalu paste FASTA yang telah kita dapatkan.
Gambar 7. Tampilan salah satu tools bioinformatics
5. Klik submit untuk melihat hasil akhir seperti pada gambar di bawah ini:
Gambar 8. Data hasil dari NCBI dapat diolah menjadi informasi berharga
Mengakses Database Place
- Silahkan akses link berikut ini https://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/?action=newplace
Gambar 9. Tampilan awal PLACE
2. Masukan urutan basa nukleotida yang ingin ada pelajari contohnya:
GATATAGTTC CACCACATTA CTTCCATATA TTTCCCTTGG ATTGGATCGT CGGCGCCAAA ACGAATAATA ATCCGGCAAT GGAGTCTTCA CGAGGGAAGC TGTCTGCCGC CGGCGTCCTC CTGCTAATGA CGCTCCTCAT GGTGGCCGCC ATGCGGGCGG TTGAGGCACG AGACTGCCTG ACGCAGAGTA CCCGGTTACC GGGGCATCTG TGCGTGCGGT CGGACTACTG CGCGATCGGG TGCAGGGCGG AGGGCAAGGG CTACACGGGC GGCAGGTGCC TTATCTCTCC CATCACGCTC GACGGGATTC TCTGCTACTG CGTCAAGCCT TGCACATCCA CCACGACAAA ATGATGAGAC AAGACAAGAG CGGTGGGTGC AATGCAGGCT GACCGGGGGT TATCAGTTAT ATATGGACAT CCTACCGTGT CTGTTAATAA CTTGTAAATG TCTTGGGAAA GTTTGTGGTG ATAAGTTTTA AATGTCTTGG AATAAAGTGG GTTCTATACA GACTTCTACT CGTTAAGTTG TTGGATTACT ACTACTGCTG TTTTTTATTT GAGGAATTAC TGCTTTGTTT TTAAAAAAAA AAAAAAAAAAA
3. Salin lalu tempel pada kolom yang tersedia dalam web PLACE.
Gambar 10. Melakukan input data
4. Klik “submit” lalu akan muncul hasil pencarian dalam database PLACE.
Gambar 11. Hasil dari tools PLACE
5. Silahkan klik pada tulisan biru pada GATABOX sebagai contoh.
Gambar 12. Membaca output hasil PLACE
6. Setelah itu akan tampil keterangan dari GATABOX berikut dengan literatur pendukunganya.
Gambar 13. Tampilan detail dari GATABOX
7. Anda juga dapat melihat hasil atau output dalam bentuk tabel dengan menggeser ke bagian paling bawah setelah melakukan submit (langkah 4).
Gambar 14. Tampilan hasil dalam tabel sebagai pelengkap
Penutup
Saya sadar dengan segela keterbatasan yang saya miliki sehingga pada tulisan ini akan sangat banyak kekurangan. Jangan sungkan untuk berkomentar memberikan kritik dan saran agar tulisan ini menjadi lebih baik dan bisa dijangkau oleh banyak orang.
Qorinotes 