Pendahuluan

Snapgene adalah tools yang berhubungan dengan biologi molekuler seperti mendeteksi kesalahan dalam prosedur kloning, mendesain konstruksi DNA secara akurat sampai menampilkan konstruksi DNA dalam skema visual yang mudah dimengerti. Software ini berbasis subscription tetapi kita dapat memanfaatkan trial selama 30 hari.

Pada postingan kali ini akan membahas juga mengenai tools dari NCBI berupa Blast dan ORF finder. Pembahasan disini tidak secara komprehensif dikarenakan beberapa keterbatasan penulis. Jadi, bilamana anda mendapati hal yang keliru silahkan komentar atau hubungi penulis agar segera diperbaiki secepat mungkin.

NCBI

Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)

Fungsi BlastX adalah untuk melakukan pencocokan dan pencarian kesamaan antara suatu urutan nukleotida (seperti DNA) dengan basis data protein yang telah diketahui.

1. Pada laman awal https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ silahkan pilih bagian Sequence Analysis

2. Geser menuju bagian bawah lalu pilih BLAST

3. Selanjutnya silahkan pilih fitur blast yang ingin anda gunakan seperti nucleotide > protein, nucleotide > nucleotide, protein > protein, dan nucleotide > protein.

4. Hasil dari proses Blast tersebut kurang lebih sebagai berikut ini

Open Reading Frame Finder

ORF merupakan bagian dari sekuens nukleotida yang memiliki potensi untuk menjadi gen atau mengkode protein. Proses pencarian ORF melibatkan analisis dari potensi kodon awal (start codon) dan kodon terminasi (stop codon) dalam sekuens nukleotida. ORF yang dihasilkan oleh analisis ini dapat memberikan petunjuk mengenai lokasi dan panjang potensial gen dalam suatu sekuens DNA.

1. Pada bagian sequence analysis silahkan pilih OFR Finder

2. Sebagai contoh berikut merupa sekuens DNA dari tanaman X yang ingin dicari bagian ORF-nya

ATGGAGTCTTCACGAGGGAAGCTGTCTGCCGCCGGCGTCCTCCTGCTAATGACGCTCCTCATGGTGGCCGCCATGCGGGCGGTTGAGGCACGAGACTGCCTGACGCAGAGTACCCGGTTACCGGGGCATCTGTGCGTGCGGTCGGACTACTGCGCGATCGGGTGCAGGGCGGAGGGCAAGGGCTACACGGGCGGCAGGTGCCTTATCTCTCCCATCACGCTCGACGGGATTCTCTGCTACTGCGTCAAGCCTTGCACATCCACCACGACAAAATGA

3. Buka ORF finder kemudian masukan sekuens DNA diatas tanpa menggunakan spasi.

4. Bagian parameter bisa anda sesuailkan misalnya minimum lenght menjadi 75, 150, 200, dsb.

5. Setelah itu klik submit (tunggu beberapa saat), pada contoh ini didapatkan 1 ORF.

6. Pada bagian ini kita bisa menampilkan ORF dalam bentuk protein atau sekuens nukleotida.

ORF nucleotide

ATGGAGTCTTCACGAGGGAAGCTGTCTGCCGCCGGCGTCCTCCTGCTAAT GACGCTCCTCATGGTGGCCGCCATGCGGGCGGTTGAGGCACGAGACTGCCTGACGCAGAGTACCCGGTTACCGGGGCATCTGTGCGTGCGGTCGGACTACTGCGCGATCGGGTGCAGGGCGGAGGGCAAGGGCTACACGGGCGGCAGGTGCCTTATCTCTCCCATCACGCTCGACGGGATTCTCTGCTACTGCGTCAAGC CTTGCACATCCACCACGACAAAATGA

ORF protein

ORF1MESSRGKLSAAGVLLLMTLLMVAAMRAVEARDCLTQSTRLPGHLCVRSDYCAIGCRAEGKGYTGGRCLISPITLDGILCYCVKPCTSTTTK

SnapGene

1. Buka laman https://www.snapgene.com/ lalu pilih bagian Try for Free

2. Tuliskan email aktif anda untuk proses pendaftara trial

3. Isi data sesuai dengan preferensi pribadi anda

4. Catat registration code anda untuk nanti proses pendaftaran

5. Unduh aplikasi SnapGene melalui link berikut ini atau klik pada bagian Windows

6. Install aplikasi sampai berada pada menu desktop anda

7. Masukan data diri dan registration code yang ada pada langkah 4, setelah itu pilih register.

8. Pada laman awal SnapGene klik new untuk memasukan sekuens DNA

9. Lalu pilih bagian DNA file untuk memasukan sekuens ORF yang telah kita dapatkan tadi dari NCBI, klik create.

10. Anda bisa memilih pelbagai menu atau fitur daru SnapGene

11. Pilih menu enzim yang berada di bagian bawah untuk melihat list yang tersedia

12. Anda bisa melakukan eksplore lebih mendalam mengenai SnapGene. Pada tutorial kali ini saya hanya menggunakan OFR saja, tetapi biasanya peneliti menggunakan gabungan promotor + OFR + terminator