Qorinotes

Daftar isi

1. Intro
2. Persiapan program
3. Persiapan Data
4. Import Data Excel
5. Instalasi Library
6. Analisis Kovarian
7. Parameter Genetik
8. Korelasi Genetik dan Fenotipik
9. Kesimpulan

Intro

Tidak dapat dipungkiri bahwa sumber tutorial untuk analisis statistik pemuliaan tanaman menggunakan RStudio masih terbatas.

Tujuan dari tulisan ini bukan menjelaskan teori mengenai ragam analisis yang digunakan, tetapi praktik cara menggunakan Rstudio, mulai dari menginstall bahasa R, RStudio, dan plugin yang diperlukan.

R adalah bahasa pemrograman khusus untuk statistik, sedangkan RStudio adalah aplikasi visual agar kita dapat dengan mudah menggunakan bahasa R.

Artikel ini bersumber dari Dr. Ghulam Muhu-Din Ahmed dan buku Analisis Rancangan Dalam Pemuliaan Tanaman: Penerapan Statistika dalam Penelitian Pemuliaan Tanaman yang menurut saya pribadi sangat membantu ketika saat itu sedang kebingungan mencari tutorial. Artikel ini adalah salah satu cara saya menyampaikan dan menyebarkan prinsip kebermanfaatan dari ilmu pengetahuan.

Persiapan program

Pertama pastikan kita aware dengan alur penginstalan. Silahkan install terlebih dahulu bahasa R dengan melakukan klik pada tombol di bawah ini.

Lanjut dengan mengundunduh RStudio versi terbaru, pastikan proses instalasi bahasa R selesai terlebih dahulu lalu lanjutkan instalasi R-studio.

Persiapan Data

Persiapan data adalah pintu masuk awal untuk analisis sehingga kesalahan di bagian ini bisa menyebabkan error dan kegagalan dalam analisis. Saya menggunakan data dummy seperti di bawah ini. Silahkan buka di sini (unduh atau copy, jangan diubah).

Spesifikasi data dummy ini adalah :

• Sepuluh genotipe tanaman
• Empat replikasi
• Dua respon: bobot total dan jumlah batang

Hal yang harus kita perhatikan adalah:

1. Sistem desimal menggunakan titik bukan koma. Salah (2,5) dan Benar (2.5).
2. Pastikan tidak ada data hilang.
3. Cek taraf setiap varietas, pastikan semuanya ada 4 replikasi.
4. Format file .xlsx
5. Beri nama file “olah_data.xlsx”.

Import Data Excel

Biasanya import data Rstudio menggunakan file .csv, agar lebih mudah mari kita gunakan .xlsx saja.

1. Buka RStudio, tampilan awal aplikasi akan seperti di bawah ini:

2. Pada jendela kanan atas pilih “import data set” > “from excel”.

3. Import data menggunakan format .xlsx membutuhkan instalasi plugin tambahan, yaitu readxl dan Rccp. Pilih “yes” pada notifikasi ini dan tunggu sampai proses instalasi selesai.

4. Instalasi yang selesai akan menunjukan jendela import data seperti di bawah ini. Pilih “browse” lalu temukan letak file tadi dengan nama olah_data.xlsx

5. Pilih file tersebut dengan melakukan klik lalu silahkan “import dataset”

6. Perhatikan jenis data, genotipe (character), replikasi (character), Bobot_total (double), dan Jumlah_Batang (double). Ceklis “First row as Names” karena kolom tabel kita memiliki nama. Bagian ini penting karena jika salah dapat mengakibatkan kegagalan analisis.

7. Jika semua langkah sudah benar maka tampilannya kurang lebih akan seperti di bawah ini.

Instalasi Library

Library atau perpustakaan dalam bahasa pemrograman adalah konsep dimana kita bisa menggunakan kode program yang telah dibuat berdasarkan tujuan khusus.

Analisis kovarian, korelasi genetik, parameter genetik, dan path analysis membutuhkan library variabillity. Berikut cara melakukan instalasinya.

1. Pada bagian packages silahkan pilih install.

2. Ketik “variability” lalu pilih install, pastikan ceklis juga “install depedencies”.

3. Tunggu beberapa saat hingga library terinstall. Setelah itu pada bagian “packages” ceklis “variability”. Step ini tak kalah penting karena sumber semua analisis pada artikel ini ada pada library variability.

Analisis Kovarian

Pengolahan data manual menggunakan excel saya sarankan dilakukan bagi anda yang berada di bidang pemuliaan tanaman sebagai bentuk konfirmasi. Cara perhitungan manual ini penting dan silahkan baca buku Analisis Rancangan Dalam Pemuliaan Tanaman: Penerapan Statistika dalam Penelitian Pemuliaan Tanaman (Repo Unand) karya P.K. Dewi Hayati.

>> Lihat perhitungan manual

Saya telah mencoba secara manual dan RStudio, hasilnya sama sehingga Ancova pada RStudio ini memang sesuai dengan buku karya P.K. Dewi Hayati. Jika kamu menggunakan SPSS, Jamovi, dsb silahkan periksa rumus dan model liniernya.

1. Pastikan data sudah di-import, format benar, dan pada bagian console sudah berada di library variability.

2. Ketik peritah di bawah ini pada bagian console lalu klik enter.

ancova(olah_data[3:4],olah_data$Genotypes,olah_data$Replication)

Perhatikan detail penting ini:

• olah_data(3:4) menunjukan nomor kolom variabel respon yang akan kita olah. Pada data dummy ini kolom satu (genotipe), dua (replikasi), tiga (Bobot_total), dan empat (Jumlah_batang). Maka dari itu kolom yang diplih adalah (3:4) dan akan berbeda bagi setiap penelitian, tetapi tetap memiliki awalan yang sama, yaitu kolom tiga.
• olah_data$Genotypes,olah_data$Replication menunjukan kolom Genotypes dan Replications. Perhatikan huruf awal dari kolom karena harus sama dengan yang ada pada datasheet.
• Kode ini akan sangat berbeda tergantung nama file anda dan jumlah respon yang diamati.

3. Berikut merupakan output dari hasil analisis kovarian, anda bisa mendapatkan tabel ancova dan kovarian genetik, fenotipik, serta lingkungan.

Parameter Genetik

gen.var(olah_data[3:4],olah_data$Genotypes,olah_data$Replication)

Anda akan mendapatkan beberapa parameter genetik, yaitu varians genetik, varians fenotipik, heritabilitas, dan kemajuan genetik. Parameter genetik tersebut juga disertai oleh tabel Anova.

Korelasi Genetik dan Fenotipik

geno.corr(olah_data[3:4],olah_data$Genotypes,olah_data$Replication)

pheno.corr(olah_data[3:4],olah_data$Genotypes,olah_data$Replication)

If NaNs are produced checkout for negative genotypic variance for one or more trait.

Kesimpulan

Data ini belum dilakukan uji normalitas, aditivitas, dan homogenitas sehingga pada analisis korelasi genetik atau fenotipik bisa terjadi error. Hal yang perlu diingat adalah data dummy ini tidak merepresentasikan data asli karena dibuat dengan AI. Contohnya di sini error karena terdapat varians genetik negatif (tidak ada akr kuadrat rill dari bilangan negatif). Saya sarankan coba dengan data anda sendiri. Ditunggu kritik dan sarannya.